L'Argentin était absent depuis près d'un mois en raison d'une blessure aux ischio-jambiers, manquant les quatre derniers matches, mais il a été nommé parmi les remplaçants pour le match à domicile.
Messi a manqué la défaite 2-1 à domicile contre les Mexicains de Monterrey en quart de finale de la Coupe des champions de la CONCACAF mercredi et, l'entraîneur de l'Inter Gerard Martino a fait tourner son effectif.
L'équipe a semblé à l'aise, sans se montrer trop menaçante, mais elle s'est retrouvée menée à la mi-temps lorsque le défenseur Ryan Sailor s'est jeté sur l'attaquant français du Colorado Kevin Cabral dans la surface de réparation.
L'attaquant brésilien des Rapids, Rafael Navarro, a transformé le penalty pour donner au Colorado un avantage de 1-0 à la pause.
Messi est entré en jeu après la pause et a eu un impact immédiat.
Après seulement 12 minutes sur le terrain, le vainqueur de la Coupe du monde a permis à Miami d'égaliser lorsque Franco Negri a centré à ras de terre depuis la gauche.
Busquets est ensuite entré en jeu et Miami a pris l'avantage à l'heure.
Mais le troisième but n'est jamais arrivé et Miami en a fait les frais à la 88e minute lorsque Calvin Harris a mené une contre-attaque sur la droite et a trouvé Cole Bassett qui a égalisé.