Eberl était considéré comme le candidat favori du Bayern pour le poste vacant depuis le licenciement d'Hasan Salihamidzic en mai. En septembre, Christoph Freund a pris la direction sportive du club. Eberl et Freund se connaissent depuis qu'ils ont travaillé ensemble au RB Leipzig et discuté lorsque Eberl était encore à Gladbach et Freund à Salzbourg.
Eberl a été licencié par le RB Leipzig, vainqueur de la Coupe d'Allemagne, où il était directeur général du sport depuis fin 2022, fin septembre, juste avant le match aller contre le Bayern.