La victoire de l'Espagnol met fin à la série de 19 victoires de Sinner, vainqueur de l'Open d'Australie, et lui permettra de conserver sa place de numéro 2 au classement mondial la semaine prochaine.
Lors de la finale de dimanche, Alcaraz affrontera le Russe Daniil Medvedev, numéro 4 mondial, avec la possibilité de devenir le premier joueur à conserver son titre à Indian Wells depuis que Novak Djokovic y a remporté trois trophées consécutifs de 2014 à 2016.
Le match, perturbé par une interruption de trois heures due à la pluie, a largement récompensé la patience des spectateurs du Stadium Court avec de longs échanges spectaculaires.
"Les matches avec Jannik sont toujours spéciaux", a commenté Alcaraz. "J'exige toujours le meilleur de moi-même contre lui et c'est la même chose pour lui".
"Nous avons mis de la magie sur le terrain, des points incroyables et pour le public, c'est aussi merveilleux", a-t-il ajouté.
Sinner a rapidement pris l'initiative à la reprise, utilisant sa profondeur de frappe et sa précision pour gagner quatre jeux consécutifs et empocher le premier set.
Il a sauvé la seule balle de break à laquelle il a été confronté, et a distancé son adversaire 5-1, se jetant sur une balle courte pour un passing gagnant croisé sur la balle de break.
Alcaraz a réagi dans le deuxième set en changeant de style, en reculant pour se donner plus de temps sur les retours et ainsi revenir progressivement dans le match.
Il a breaké Sinner avec une volée gagnante en profondeur pour une avance de 3-1 et a tenu bon pour 4-1. Sinner a eu des occasions, mais n'a pas pu les convertir.
L'Espagnol a sauvé une autre occasion de break grâce à un revers gagnant sur la ligne et a conclu le set avec un coup gagnant.
Quelques coups droits imprécis de Sinner ont permis à Alcaraz de dominer le troisième jeu de la dernière manche et il a obtenu le break grâce à une volée de revers haute pour mettre fin à un autre échange difficile.
Sinner semblait soudain impuissant à stopper Alcaraz, qui s'adjugeait cinq jeux consécutifs et finissait par remporter la partie grâce à un coup droit victorieux sur sa troisième balle de match.
"Je suis vraiment très heureux de battre Jannik et d'être à nouveau en finale", a jubilé Alcaraz, qui vise son premier titre depuis son triomphe à Wimbledon en juillet dernier.