Avec ce troisième revers en six rencontres européennes, les Dogues chutent de la 11e à la 16e position, avec 9 points, tandis que les Young Boys remontent de la 26e à la 19e et s'offrent la première victoire de leur histoire face à un club français.
Les hommes de Bruno Genesio interrompent de surcroît leur série de quatre succès consécutifs, après avoir pourtant dominé la première demi-heure avec des tentatives d'Ayyoub Bouaddi (5e), Olivier Giroud (9e) puis Benjamin André (26e).
Mais sur une offensive bernoise, l'international espoir de 18 ans - si brillant en octobre lors de la victoire contre l'AS Rome (1-0) - a ceinturé Alan Virginius dans la surface (33e) : expulsion, pénalty, puis carton jaune pour contestation contre Giroud.
Berke Özer a par deux fois sauvé les siens, en se couchant sur le tir trop écrasé de Chris Bedia avant de repousser la reprise à bout portant de Virginius (35e), avant que les Dogues n'entretiennent l'espoir en début de seconde période.
Mais Giroud n'a pas suffisamment appuyé sa talonnade (55e), Romain Perraud a dévissé son tir sur une belle contre-attaque (59e), et Lille a fini par craquer sur une chevauchée à gauche de Virginius, reprise au premier poteau par Darian Males (61e).
Plusieurs centaines de supporters lillois avaient fait le déplacement dans la capitale suisse, alors que la rencontre n'était pas retransmise en France en raison de la présence sur le maillot bernois d'un sponsor dont la publicité est interdite par la législation française.