James McAtee - qui a passé la saison dernière en prêt à Sheffield United- a ouvert le score pour City à la 21e minute à Tokyo.
Son compatriote Oscar Bobb a également montré des signes de sa qualité en entrant en seconde période lors de la victoire 2-1.
Mais c'est Rico Lewis qui s'est le plus distingué, posant constamment des problèmes au Bayern en attaque et n'hésitant pas à jouer un rôle défensif dans l'entrejeu.
S'adressant aux journalistes après le match, Guardiola a affirmé que Lewis, âgé de 18 ans, était "très intelligent".
"Il comprend tout et est fiable dans beaucoup, beaucoup de choses", a-t-il dit à propos du joueur qui a fait 14 apparitions en Premier League la saison dernière. "Nous sommes très, très heureux qu'un joueur de l'académie soit arrivé et qu'il joue comme il le fait".
Guardiola, lui-même diplômé de la célèbre académie barcelonaise de La Masia, s'est dit fier de la qualité des joueurs que City produit aujourd'hui. "La nouvelle génération arrive".
Il a également fait l'éloge de la manière dont l'académie bénéficiait aux finances de City, soulignant que "nous vendons beaucoup, avec une clause de rachat (...) Je suis presque sûr qu'un ou plusieurs d'entre eux reviendront peut-être ici. Alors oui, je suis très content".
L'entraîneur du Bayern, Thomas Tuchel, a répondu à de nouvelles questions sur l'intérêt de son club pour l'attaquant de Tottenham, Harry Kane, en clamant qu'il "n'avait rien à cacher"."Je cherche un joueur parce que nous avons beaucoup de blessés et que nous sommes dans une situation difficile".
Aymeric Laporte a offert la victoire à City à la 86e minute après que Mathys Tel ait égalisé pour le Bayern cinq minutes plus tôt.
Le prochain match de City sera un affrontement contre l'Atlético de Madrid à Séoul ce dimanche, avant qu'il ne retourne en Angleterre pour affronter Arsenal dans le cadre du Community Shield.
Le Bayern a encore un match à Tokyo contre Kawasaki Frontale (J-League) samedi, avant de se rendre à Singapour pour y affronter Liverpool.