La Belgique est la destination favorite des joueurs japonais depuis de très nombreuses années. Arrivé en janvier 2019 à Genk, Junya Ito a passé trois ans et demi dans le Limbourg, avec un succès indubitable : 120 matches de championnat, 27 buts et 39 passes décisives. De quoi classer un milieu offensif. Le Stade de Reims flaire la bonne affaire en 2022 et met 10 millions d'euros sur la table.
En Champagne, notamment avec son coéquipier Keito Nakamura, il se convertit en valeur sûre de la Ligue 1, avec un statut de titulaire inamovible (100 matches, 13 buts, 17 passes décisives). Cependant, son apport ne suffit pas pour sauver le club de la descente en 2025. Et si Nakamura reste une saison supplémentaire à l'étage inférieur, Ito, lui, est retourné à Genk pour 2,8M€. "C'était un plaisir de revenir dans un club comme le KRC Genk avant la Coupe du Monde, a-t-il expliqué en mai dernier à HBLV. Lorsque Dimitri de Condé (le directeur technique, ndlr) a contacté mon entourage, la décision a été prise très rapidement".
Avec 6 réalisations et 5 assists en 28 apparitions en championnat principalement dans un rôle d'ailier gauche, Ito a réalisé un retour solide (Flashscore Ratings le crédite d'une note moyenne de 7,1 sur l'ensemble de la saison) malgré les blessures mais il n'a pas pu faire basculer son équipe dans le Top 6 de la phase régulière pour jouer le titre dans le premier groupe de playoff. En décembre 2025, Thorsten Fink a été viré, remplacé par Nicky Hayen. Et si Genk a gagné sa place de barragiste pour participer à la Ligue Conférence, une mauvaise gestion en fin de prolongation contre La Gantoise a conduit à une élimination aux tirs au but, après avoir encaissé un penalty à la dernière minute. Ito a facilement concédé qu'il s'agissait d'une "saison difficile, mais c’était plus ou moins prévisible, car l’équipe est nettement plus jeune que lors de mon premier passage ici".
Positionné sur l'aile droite, hormis lors de la première journée, perdue, contre Zulte-Waregem, Ito compte un but et deux passes décisives en 7 journées, ce qui est tout à fait honorable. Pour autant, si Genk marque beaucoup (13), il encaisse tout autant (12). Avec seulement 9 points et une série en cours de trois matches sans victoire (deux nuls, une défaite), le club qui fut champion en 2019 et vice-champion en 2023 n'avance pas. Il a ainsi concédé trois nuls contre Antwerp (4-4), Anderlecht (0-0) et La Gantoise (1-1) avant de tomber lourdement contre le Club Brugge avant la fenêtre internationale (3-0). Lors de ce dernier match, Ito n'est resté qu'une heure sur le terrain, avec seulement 29 ballons touchés. Ce fut le match où il a été le moins influent mais sa performance a témoigné d'une forme d'irrégularité.
L'arrivée sur le banc du Danois Jess Thorup, évincé d'Al-Ahly cet été, à la place d'Hayen parti à Burnley, n'a pas provoqué un élan au niveau des résultats jusqu'à présent. À 33 ans, Ito n'est plus un prospect qui débarque en Europe mais il est désormais le guide d'une équipe qui, pour l'heure, à 9 unités de retard sur la place qualificative directe en Ligue Conférence détenue actuellement par Charleroi, 4e avec 18 points.