Serge Gnabry, qui a marqué un but lors du match nul 2-2 mardi à Londres, "a souffert d'une élongation musculaire à l'ischio-jambier gauche" pendant le match, a indiqué le club dans un communiqué.
"Le Bayern doit se passer de lui pour le moment", a ajouté le club allemand.
Gnabry a fait son retour au Bayern en mars, après avoir manqué plusieurs matches en raison de diverses blessures cette saison, notamment une blessure à la hanche, une fracture du bras et une autre déchirure musculaire.
L'ancien attaquant d'Arsenal est toutefois revenu en forme, marquant lors de quatre des cinq matches qu'il a disputés depuis son retour. Mardi, sur une passe de Leon Goretzka, il a égalisé à 1-1 à l'Emirates après 18 minutes de jeu.
Les sextuples vainqueurs de la Ligue des champions doivent battre Arsenal à Munich mercredi prochain pour se qualifier pour les demi-finales.