Balogun a été expulsé lors de la victoire des États-Unis contre la Bosnie en seizièmes de finale, mais la commission de discipline de la FIFA a ensuite assorti sa suspension d'un match d'un sursis d'un an, permettant à l'attaquant de jouer contre la Belgique.
Cette décision a déclenché une controverse après que le président américain Donald Trump a déclaré être intervenu en faveur des coorganisateurs de la Coupe du monde, en demandant au président de la FIFA, Gianni Infantino, de réexaminer l'affaire.
"Je regrette peut-être de ne pas avoir été davantage impliqué à la fin du match contre la Bosnie, dans la situation qui a suivi et qui a généré tout ce qui s'est passé de négatif ensuite", a affirmé Pochettino jeudi dans une interview accordée à Futbol de Primera.
Les États-Unis avaient franchi la phase de groupes avant de battre la Bosnie, ce qui nourrissait l'espoir de voir la sélection atteindre les quarts de finale de la Coupe du monde pour la première fois depuis 2002.
Les Américains se sont finalement inclinés 4-1 contre la Belgique en huitièmes de finale.
Pochettino a ajouté qu'il comprenait comment une modification de la sanction après la décision d'un arbitre d'expulser un joueur lors d'une Coupe du monde, et qui permettait à celui-ci de disputer le match suivant, pouvait changer l'issue de cette rencontre.
"Personne n'a compris pourquoi c'est arrivé et, en tant que personne du football, je sais à quel point les choses peuvent changer l'énergie en un instant. Après cela, l'énergie a changé. Le match s'est alors joué dans un contexte différent", a-t-il déclaré.
L'entraîneur argentin de 54 ans a ajouté qu'il ne pensait pas qu'une autre approche tactique, stratégie ou composition d'équipe aurait changé la performance contre la Belgique.
Pour lui, la fédération américaine devait réduire le nombre de personnes chargées de prendre des décisions sur des sujets tels que les appels concernant les cartons rouges.
"Je pense aux décisions prises après le match contre la Bosnie. Ces affaires doivent être gérées en interne, au sein d'une structure beaucoup plus restreinte. Les décisions doivent venir de très peu de personnes, avec une approche sportive et du bon sens. Cela s'applique indépendamment de la décision que pourrait prendre une commission ou de ce que pourrait prévoir un règlement."
La fédération belge de football a déclaré plus tôt ce mois-ci qu'elle ne soutiendrait pas la candidature d'Infantino pour un nouveau mandat à la présidence de la FIFA, à moins d'obtenir des réponses satisfaisantes concernant l'affaire Balogun et d'autres préoccupations liées à la gouvernance.
Elle a affirmé que la FIFA n'avait pas fourni de justification suffisante pour la suspension de la sanction de Balogun ni expliqué comment des cas similaires seraient traités à l'avenir. Elle a demandé que cette affaire soit inscrite à l'ordre du jour de la prochaine réunion du Conseil de la FIFA, le 15 octobre.
Les États-Unis reçoivent le Pérou en amical à Orlando samedi, avant d'affronter le Chili mardi, puis le Mexique et le Canada la semaine prochaine.