Vainqueur 6-2 de la première manche avant de perdre les deux suivantes 6-4 et 6-1, le n°8 mondial s'est fait masser la jambe gauche entre le troisième et le quatrième set.
Au retour de ce temps mort médical, Ruud n'a plus réussi à prendre le moindre jeu et a concédé le dernier set 6-0 en une vingtaine de minutes, après un nouveau massage au genou gauche à 5-0.
Grâce à sa victoire, Borges (28 ans) est qualifié pour la première fois de sa carrière pour le troisième tour de Roland-Garros, où il affrontera l'Australien Alexei Popyrin (25e).
"J'espère que ce n'est rien de trop grave", a commenté Ruud en conférence de presse.
Les douleurs au genou ont "commencé à Monte-Carlo" début avril, "ça me suit depuis le début de la saison sur terre battue", a précisé le Norvégien.
"Les scanners n'ont montré aucune lésion structurelle. Il y a juste du liquide inflammatoire qui doit se résorber", a-t-il poursuivi.
"J'ai essayé de me débarrasser" du problème en prenant des "anti-inflammatoires et des antidouleurs, ça m'a aidé jusqu'à un certain point mais pas suffisamment", a regretté Ruud.
Avec cette élimination précoce, "j'aurai désormais plus de temps pour laisser guérir cette blessure et me reposer", a tenté de positiver le Norvégien, qui ne sait pas encore s'il sera rétabli d'ici l'entame de la saison sur gazon début juin.
Vainqueur début mai à Madrid de son tout premier Masters 1000, les tournois les plus importants après les quatre Grand Chelem, Casper Ruud termine sa saison sur terre battue en mode mineur.
Avant son élimination à Roland-Garros, qui devrait le faire reculer au classement ATP puisqu'il était demi-finaliste sortant, le Norvégien avait été corrigé 6-0, 6-1 par Jannik Sinner en quarts de finale du Masters 1000 de Rome.
"Il y a eu des hauts et des bas" durant la saison sur terre battue, a estimé l'ex-n°2 mondial.
"J'ai atteint certains des objectifs que je m'étais fixés sur terre battue, mais ce résultat à Paris n'est pas ce que j'espérais. Je suis fier de la façon dont j'ai su gérer" s'est félicité Ruud, soucieux par ailleurs de "féliciter" son adversaire "qui a très, très bien joué".
"Nuno a montré qu'il était un grand joueur sur cette surface, il a très bien géré mes frappes. J'ai fait de mon mieux pour frapper aussi lourdement que je le pouvais, mais il ramenait tout", l'a applaudi le perdant.