Comme lors de la sprint, Francesco Bagnaia a connu un bon départ qui lui a permis de tenir la tête. Derrière, Alex Marquez s'est montré incisif rapidement, prenant la 2nde place. Il a été suivi par Pedro Acosta, et Fabio Quartararo, qui a résisté à Fermin Aldeguer.
Mais, sur un circuit aussi long que celui de Sepang, l'économie des pneus est importante. Le pilote Ducati n'a donc pas de suite creusé un écart important. Et dès le 2nd tour, A.Marquez l'a dépassé. Acosta a imité son compatriote dès le 3e tour, avant de voir Bagnaia revenir.
La course a ensuite battu son plein. Entre Acosta et Quartararo, un écart de 1,6 seconde s'est installé. Joan Mir a commencé à mettre la pression sur El Diablo, sans parvenir à revenir. Il a fallu attendre le 10e tour pour que cela soit le cas. Franco Morbidelli a aussi doublé le Français au 12e tour.
De son côté, A.Marquez a pris une avance de 0,8, qu'il a étendu et conservé sur son principal concurrent.
Acosta est revenu une nouvelle fois sur l'Italien au 13e tour et a tenté de le distancer enfin.
Cependant, le Grand Prix a pris une nouvelle tournure après 17 tours. Un problème mécanique est venu réduire à néant les chances du pilote d'obtenir de nouveaux points.
A.Marquez a donc remporté la course, devant Acosta et Mir.