Jardim, 51 ans, avait annoncé en décembre sa démission du club brésilien de Cruzeiro dix mois après son arrivée, pour préserver sa "santé physique et mentale".
"Bienvenue à Flamengo, Leonardo Jardim", a annoncé mercredi le club carioca sur les réseaux sociaux, en indiquant que le technicien portugais avait signé le jour même et jusqu'à décembre 2027.
L'ancien entraîneur de Monaco, champion de France en 2017, a dirigé mercredi son premier entraînement et sera présenté officiellement jeudi.
Il remplace Filipe Luis, dont le licenciement a été annoncé dans la nuit de lundi à mardi, peu après une victoire 8-0 de Flamengo face au modeste Madureira.
"Je pars en paix, la tête haute et la conscience tranquille. Le football est fait de cycles et le nôtre a été historique", avait publié le technicien de 40 ans dans un message d'adieu sur Instagram.
Le Flamengo, équipe qui possède actuellement le plus gros budget d'Amérique du Sud, n'a pas bien commencé l'année. Il a perdu la Supercoupe du Brésil contre Corinthians (2-0), le premier titre qu'il visait cette saison, ainsi que la Recopa Sudamericana, au Maracana face à l'équipe argentine de Lanus (3-2).