Il n'a fallu que sept minutes aux hôtes pour ouvrir le score, Tomas Chory reprenant en première intention un centre à ras de terre de Lukas Provod et inscrivant son 10e but toutes compétitions confondues cette saison.
Dominik Livakovic était ensuite chargé de repousser les tentatives de Jan Boril et de David Doudera, alors que les hôtes continuaient à se ruer à l'attaque.
Fenerbahçe se montrait toutefois menaçant, avec une intervention de dernière minute de Tomas Holes qui empêchait Edin Dzeko de voir clairement le but.
Le Slavia recommençait bientôt à poser des problèmes sur les centres, même si Doudera et Chory ne parvenaient pas à profiter de la qualité des ballons qui leur étaient adressés, à deux reprises chacun.
Ce gaspillage était puni à la 35e minute, lorsqu'une action rapide de Fenerbahce aboutissait à ce que Dzeko s'infiltre dans Boril et place sa frappe hors de portée d'Antonin Kinsky.
Provod, qui avait déjà effectué quelques centres, pensait avoir redonné l'avantage à son équipe d'une volée qui se glissait dans le poteau, mais le but était refusé car Chory était en position de hors-jeu.
Les échanges ont été vifs avant la pause et la situation est restée compétitive, les hôtes ayant écopé de deux cartons jaunes dans les dix minutes qui ont suivi la reprise.
Le match restait également équilibré, Doudera se procurant une grosse occasion qu'il ne parvenait pas à concrétiser.
José Mourinho faisait alors appel à Irfan Kahveci et Youssef En-Nesyri à la 78e minute pour trouver la faille. Sept minutes après son entrée en jeu, ce dernier était servi par Dusan Tadic et faisait preuve d'une grande qualité pour battre Kinsky, bien que le gardien ait touché son tir.
Jindrich Trpisovsky répondait rapidement par un double changement, mais son équipe ne parvenait pas à revenir au score, essuyant une troisième défaite consécutive en Ligue Europa et se retrouvant en dehors des places de barrage.
En revanche, Fenerbahçe a mis fin à sa série de trois matches sans victoire en compétition européenne pour remonter à la 15e place et ne se trouve plus qu'à deux points de la qualification automatique.