L'international portugais Rafael Leao, critiqué début octobre par son entraîneur Massilimano Allegri pour son manque de réalisme, a ouvert la marque d'un centre-tir (7e), son troisième but en deux matches.
Mais le Milan s'est ensuite endormi et a laissé le promu revenir à sa hauteur sur un penalty (59e) de l'inusable Juan Cuadrado (37 ans).
Pise, en quête de sa première victoire de la saison, a mené 2-1 à la 86e minute quand Mbala Nzola a profité d'une erreur de marquage de la défense milanaise pour ajuster Mike Maignan.
Mais dans le temps additionnel (90e+3), Zachary Athekame a arraché le nul d'une frappe de loin.
Après ce septième match sans défaite (cinq victoires, deux nuls), le Milan, privé de Christian Pulisic et d'Adrien Rabiot jusqu'à mi-novembre, totalise 17 points, soit deux de plus que l'Inter, Naples et l'AS Rome, chacun 15 points.
"On aurait dû tuer le match dès la première période, on a été un peu malchanceux. On joue bien, il faut continuer comme ça, même si c'est rageant d'avoir perdu deux points", a souligné Luka Modric au micro de la plateforme DAZN.
Pise est passée de son côté de la 20e et dernière place à la 18e place avec quatre points.