Scheffler, qui avait attaqué la dernière journée à quatre coups du leader écossais, a rendu une carte de 67 (3 sous le par) pour s'imposer et soulever un nouveau trophée après notamment deux majeurs, le PGA Championship et le British Open.
L'Américain est le premier joueur depuis Tiger Woods en 2006-2007 à gagner au moins cinq tournois deux années de suite.
MacIntyre, intraitable depuis le début du tournoi, a lui complètement raté son dimanche, terminé en 73 coups avec quatre bogeys pour un seul birdie, finissant à deux coups du vainqueur.
Rory McIlroy a pris la 12e place à 12 coups de Scheffler.
Le BMW Championship était le deuxième des trois tournois des phases finales du circuit PGA, réunissant les 50 meilleurs du classement.
Les 30 meilleurs joueurs de l'année se disputeront le Tour Championship du 21 au 24 août à Atlanta.