L'international français avait rejoint les Blues en juin 2023 en provenance du RB Leipzig, mais il n'a disputé que 14 matchs et inscrit trois buts lors de sa première saison, en raison de blessures.
Au total, Nkunku a marqué 18 buts en 62 matchs avec les Blues.
Il rejoint Milan pour un montant estimé entre 42 et 45 millions d'euros.
Nkunku a signé un contrat avec Milan jusqu'en 2030 et portera le numéro 18.