Le joueur de 23 ans va être opéré "plus tard cette semaine", selon son équipe. L'évaluation de la gravité de sa blessure est "toujours en cours", a-t-elle ajouté.
Le joueur est sorti blessé durant la seconde période du match de Premier League disputé dimanche sur la pelouse de Chelsea (1-1), tout comme son collègue de la charnière centrale, Ruben Dias.
Manchester City n'a pas encore communiqué sur l'éventuelle indisponibilité du Portugais.
"C'est un moment difficile, mais ça ne me définira jamais. Je sais qui je suis et d'où je viens", a réagi sur X Gvardiol, également attendu avec sa sélection cet été pour la Coupe du monde.
Ces blessures dépeuplent la défense des "Sky Blues", déjà amputée de John Stones, touché à une cuisse, et de Rayan Aït-Nouri, mobilisé avec l'Algérie pour la Coupe d'Afrique des nations, avant la réception de Brighton, mercredi, en championnat.
Rejoint dans les dernières minutes à Chelsea, Manchester City a laissé s'échapper Arsenal en tête de Premier League, et compte désormais six points de retard.
Gvardiol a disputé 16 matches de championnat cette saison, la majorité comme titulaire, avec deux buts inscrits.