L'attaquant argentin de 38 ans, qui a brillé avec le FC Barcelone et mené son pays au titre mondial en 2022, a offert une passe décisive à l'Espagnol Jordi Alba pour le but à la 12e minute.
Les deux hommes ont ensuite échangé leurs rôles 29 minutes plus tard.
Messi a marqué sur une passe d'Alba à la 41e minute, donnant à Miami une avance de 2-0 à la mi-temps de ce match retour.
L'Américain Ian Fray a ajouté un autre but pour Miami à la 52e minute, portant le score à 3-0, avant que le milieu de terrain mexicain Obed Vargas ne réduise le score pour Seattle à la 69e minute d'une tête spectaculaire.
Les Sounders avaient battu Miami 3-0 le 31 août à Seattle lors d'une finale de la Coupe des ligues qui s'était terminée par une bagarre générale et par le crachat de l'attaquant de l'Inter Luis Suarez sur un membre du personnel des Sounders.
"Il était important, au-delà des bons sentiments, de renouer avec la victoire contre un grand rival qui nous a enlevé toute chance de remporter une compétition il y a quelques semaines", a déclaré Javier Mascherano, l'entraîneur de Miami.
"Nous l'avons compris de la meilleure façon. Nous avons joué le match que nous devions jouer".
Suarez, qui s'est excusé il y a quinze jours, a été sanctionné pour la Coupe des ligues 2026 et a reçu une suspension de trois matches de la MLS pour ses actes. L'Uruguayen a purgé son deuxième match de suspension lors du match retour à domicile contre Seattle.
L'Inter Miami avait chuté à la huitième place de la Conférence Est après sa défaite 3-0 contre Charlotte samedi. Mais en battant Seattle, il a amélioré son bilan à 14-6 avec sept matches nuls et 49 points, passant à la cinquième place de la Conférence Est et à seulement huit points du leader Philadelphie avec trois matches à disputer.
"Il reste sept finales à disputer et notre objectif est de les gagner toutes pour terminer premier de la conférence", a déclaré Mascherano.
"Il s'agit là d'un défi de taille, qui nous invite à être compétitifs, à être toujours attentifs et à ne pas nous relâcher.
Les Sounders ont chuté à 12-8 avec neuf nuls et 45 points, ce qui les place en quatrième position de la Conférence Ouest, à un point du Los Angeles FC.
Consultez ici le compte-rendu complet du match entre Miami et Seattle.