James, 34 ans, avait été hospitalisé pendant trois jours pour une "déshydratation sévère", deux jours après avoir participé au match amical de la Colombie face à la France (défaite 3-1) le 29 mars, avant d'être renvoyé chez lui sous surveillance médicale.
Le meneur de jeu a fait son retour à l'entraînement jeudi, et sera progressivement réintégré aux séances collectives, "selon ses progrès cliniques", écrit la franchise dans un communiqué.
Plusieurs médias américains ont rapporté que le capitaine colombien souffrait de rhabdomyolyse, une destruction rapide et grave du tissu musculaire potentiellement mortelle. Le club a vivement démenti, indiquant qu'il n'existait "aucune preuve médicale" d'une telle affection.
Le joueur n'a disputé que 39 minutes cette année avec Minnesota United, club qu'il avait rejoint en février, en raison de problèmes physiques.