De Ligt, 23 ans, qui a fait 41 apparitions avec l'équipe nationale néerlandaise, s'est blessé à l'entraînement et a été remplacé par Daley Blind, son coéquipier du Bayern Munich.
Les Pays-Bas accueillent le tournoi et affrontent la Croatie dans la première demi-finale à Rotterdam mercredi.
L'Italie et l'Espagne s'affronteront jeudi à Enschede, les vainqueurs se qualifiant pour la finale de dimanche.