Choupo-Moting, qui en est à sa troisième saison avec le Bayern après des passages au Paris Saint-Germain et à Stoke City, est le meilleur buteur de l'équipe cette saison avec 17 buts toutes compétitions confondues.
Le joueur de 34 ans a également manqué la victoire 1-0 du Bayern en championnat contre Fribourg samedi.
"Eric Maxim Choupo-Moting ne se rendra pas à Manchester", a déclaré le Bayern dans un communiqué. "L'attaquant est indisponible en raison d'un problème au genou.