Le joueur de 23 ans, qui a fait son retour récemment après une absence de deux mois en raison de plusieurs blessures, ne fait pas partie du groupe de joueurs retenus pour aller en Italie, a indiqué le technicien.
Cole Palmer avait dans un premier temps souffert d'une blessure à l'aine en septembre avant de se fracturer un orteil dans un accident domestique.
Le milieu offensif a été titularisé samedi pour la première fois depuis septembre, lors du nul (0-0) contre Bournemouth en championnat, et Enzo Maresca veut aménager son temps de jeu.
"Cole est en pleine phase de reprise en ce moment. Il n'est pas disponible, il ne peut pas jouer deux matches consécutifs en trois jours", a-t-il souligné. "Nous avons donc prévu cela, c'est simplement une façon de le protéger."
Liam Delap est également forfait après s'être blessé à une épaule à Bournemouth.
Avant la rencontre à Bergame, Chelsea est 7e de la phase de ligue. Les Blues ont notamment battu le FC Barcelone 3-0 à Stamford Bridge lors de la précédente journée. L'Atalanta pointe de son côté à la 10ᵉ place.