Âgé de 32 ans, il est accusé d'avoir violé deux femmes et d'avoir agressé sexuellement une troisième.
Les faits présumés se seraient produits entre 2021 et 2022, alors qu'il évoluait sous les couleurs d'Arsenal.
Thomas Partey s'est exprimé devant la Southwark Crown Court pour confirmer son identité, sa date de naissance et ses plaidoyers de non-culpabilité.
Le joueur international ghanéen a été inculpé quatre jours après son départ d'Arsenal, à la suite de l'expiration de son contrat fin juin.
Il a rejoint Villarreal en août et a disputé son premier match officiel avec le club espagnol lors de la défaite 1-0 en Ligue des champions face à Tottenham à Londres mardi.
Partey est entré en jeu à la 78e minute au Tottenham Hotspur Stadium.
Le milieu de terrain avait rejoint Arsenal en provenance de l'Atletico Madrid en 2020, pour un transfert estimé à environ 45 millions de livres sterling.
Il a disputé 52 rencontres avec les Gunners la saison dernière, inscrivant quatre buts. Au total, il a joué 167 matches pour le club, marquant à neuf reprises, et compte également plus de 50 sélections avec le Ghana.
Un porte-parole d'Arsenal avait précédemment déclaré : "Le contrat du joueur a pris fin le 30 juin. En raison de la procédure judiciaire en cours, le club n'est pas en mesure de commenter l'affaire."