Les buts du club de Rio de Janeiro ont été inscrits de la tête à la suite de coups de pieds arrêtés par les défenseurs Léo Pereira (23e) et Danilo (52e).
La Coupe intercontinentale réunit les vainqueurs de la C1 des six confédérations dans un format resserré qui vise à ne pas faire de l'ombre à la Coupe du monde des clubs à 32 équipes, lancée l'an dernier par la Fifa et organisée tous les quatre ans.
Vainqueur de la Copa Libertadores, Flamengo avait écarté mercredi en quart de finale les Mexicains de Cruz Azul (2-1).
En tant que champion d'Europe, le PSG était directement qualifié pour la finale prévue mercredi prochain à Doha.