Berta, 53 anni, assume il ruolo su base permanente con i Gunners e sostituisce l'uscente Edu Gaspar, dimessosi a novembre.
"Sono entusiasta di entrare a far parte dell'Arsenal in un periodo estremamente emozionante per il club", ha dichiarato Berta in un comunicato.
"Ho osservato con grande interesse il modo in cui l'Arsenal si è evoluto negli ultimi anni e ho ammirato il duro lavoro svolto per ristabilire il club come una forza importante nel calcio europeo con un seguito appassionato in tutto il mondo".
Il club ha grandi valori e una ricca storia, e non vedo l'ora di fare la mia parte per plasmare un futuro di successo con una grande squadra".
"Non vedo l'ora di iniziare il mio nuovo ruolo e non vedo l'ora di vivere la mia prima partita all'Emirates Stadium insieme ai nostri tifosi".
Berta si è imposto su una rosa di candidati che comprendeva l'ex direttore sportivo del Manchester United Dan Ashworth e l'ex centrocampista dell'Arsenal Tomas Rosicky.
Berta ha trascorso 12 anni all'Atletico Madrid e ha contribuito a riportare il club in lizza per il successo in Spagna insieme ai colossi Real Madrid e Barcellona.