Devancé par Francesco Bagnaia sur la sprint, Ai Ogura a signé un départ parfait, pendant que Marc Márquez et Pecco s'échangeaient leurs positions. Un premier train de six pilotes s'est échappé, tandis que Jorge Martín voulait rapidement faire le jump après avoir doublé Joan Mir, parti avec un pneu tendre à l'arrière. Une volonté vaine car le Martinator avait deux long laps à réaliser. De quoi compléter le tableau des Aprilia d'usine après la suspension de Marco Bezzecchi suite à ses gifles adressées à un commissaire de piste.
Le pilote japonais était assailli par les deux Ducati officielles, et il a été dépassé par Bagnaia alors qu'au même moment, Fabio Quartararo est parti à la faute. Ogura a ensuite été ajusté dans le dernier virage du deuxième tour par MM93.
Le premier à décrocher du groupe de tête a été Diogo Moreira, rapidement passé de la 4e à la 8e place après seulement 6 tours.
La lutte fratricide entre Bagnaia et Márquez était totale, les pilotes empilant les meilleurs tours en course. Pour l'Italien, ce weekend à Brno était important pour l'ego; pour le Catalan, il s'agissait de réduire l'écart au classement avec Bezzecchi. Cependant, Ogura, un habitué du negative split, rodait à une demi-seconde et c'est lui qui signait désormais les meilleurs chronos, avec au moins deux dixièmes de mieux que le duo de tête.
La lutte des Ducati a pris fin dans le 16e tour, avec un dépassement parfait du tenant du titre. Pour Bagnaia, la deuxième place n'était pas acquise car Ogura était déjà dans sa roue. Le pilote Trackhouse a réalisé une manoeuvre parfaite avant de se focaliser sur Márquez, situé à 7 dixièmes.
Après son retour gagnant en Hongrie, MM93, au summum de la souffrance physique, signe une nouvelle victoire en République tchèque devant Ogura et Bagnaia. Fabio di Giannantonio prend la 4e place tandis que Pedro Acosta a cassé dans le dernier tour et que Martín se contente du 9e rang.