Le Kényan de 21 ans a devancé les autres cadors d'une discipline en pleine ébullition, l'Algérien Djamel Sedjati (1:41.90) et le champion du monde en titre, le Canadien Marco Arop (1:41.95).
Emmanuel Wanyonyi a pris les commandes de la course au demi-tour de piste du premier tour, prenant le risque de manquer de jus pour le sprint final.
Dans les 100 derniers mètres, le public du stade national de Tokyo a cru un temps que le Kényan serait trop court mais il a accéléré de nouveau pour conclure une course menée quasiment de bout en bout.
Le meilleur performeur mondial de la saison (1:41.44) est considéré comme l'héritier légitime de David Rudisha, son compatriote qui a établi en 2012 un record du monde fou dans la discipline aux Jeux de Londres (1:40.91).
L'été dernier, en finale olympique du 800 m au Stade de France, Wanyonyi est devenu le 3e meilleur performeur de l'histoire 1:41.19), derrière David Rudisha (1:40.91) et le Danois Wilson Kipketer (1:41.11), avant de rejoindre ce dernier, à égalité, quelques semaines plus tard en accélérant encore à Lausanne.