Le numéro un mondial a mis son homologue italien dans les cordes dans le deuxième match de simple à 5-4, mais a laissé Jannik Sinner se reprendre et gagner 6-2, 2-6, 7-5 pour forcer la décision au double.
Novak Djokovic et Miomir Kecmanovic, qui avaient remporté le premier simple contre Lorenzo Musetti, ont été battus par Sinner et Lorenzo Sonego 6-3, 6-4 et quittent Malaga déçus.
"Pour moi, c'est une énorme déception, parce que je prends la responsabilité d'avoir trois balles de match et d'être si proche de la victoire", a déclaré Djokovic à la presse.
"Oui, c'est vraiment malheureux. C'est le sport. Quand vous perdez pour votre pays, le sentiment d'amertume est encore plus grand".
Djokovic a déclaré qu'il était "difficile d'avaler" la défaite, dans une compétition qu'il voulait à tout prix remporter avec la Serbie pour la deuxième fois après leur seul triomphe en 2010, dont il faisait partie.
Le Serbe de 36 ans, vainqueur de 24 tournois du Grand Chelem, a déclaré qu'il pensait que le niveau du numéro quatre mondial, Sinner, pourrait baisser, mais l'Italien a été implacable.
"Je connais la qualité de Jannik, mais je pensais qu'il allait peut-être baisser un peu dans le double, mais il ne l'a pas fait", a déclaré Djokovic.
"Il a gardé un niveau extrêmement élevé et à la fin du simple, même au troisième set, j'ai eu beaucoup d'occasions de le breaker et j'étais dans ses jeux de service, mais à chaque fois qu'il en a eu besoin, il a trouvé le service.
Djokovic a félicité Sinner, qui l'a maintenant battu trois fois en quatre matches sur 11 jours.
Sinner a remporté la phase de groupe des ATP Finals la semaine dernière, mais Djokovic a réagi en battant l'Italien pour remporter le trophée.
"Ils l'ont mérité, ils ont très bien joué, en particulier Jannik, en simple contre moi et en double aussi", a ajouté Djokovic.
"Il n'a pratiquement pas manqué la balle pendant tout le match... on ne peut que le féliciter".