La superstar argentine a donné l'avantage à Miami (2-1) à la 26e minute par une frappe puissante du gauche au second poteau, après avoir éliminé le défenseur Kai Wagner grâce à un crochet spectaculaire.
Après une célébration sobre avec ses coéquipiers, au cours de laquelle il a esquissé un bref sourire, le capitaine de Miami a levé les mains vers le ciel.
Messi, 39 ans, s'est ainsi hissé à la deuxième place du classement des buteurs de la MLS avec 13 réalisations, à un but de l'attaquant croate du FC Dallas, Petar Musa.
"La Pulga" n'avait pas trouvé le chemin des filets lors des deux matchs disputés depuis son retour d'Argentine après le décès de son père, Jorge Messi, le 8 août.
Lors de ces deux rencontres, Miami s'est incliné 3-2 face à l'équipe mexicaine de León, synonyme d'élimination en Leagues Cup, avant de subir une lourde défaite 4-1 en MLS contre Nashville, match durant lequel Messi a manqué un penalty.
Les Floridiens restent désormais sur quatre matchs sans victoire et accusent un retard de sept points sur Nashville, leader de la Conférence Est, qui a battu les New York Red Bulls 1-0 mercredi.