Skinner avait été nommé en 2021 et a mené le club à son premier grand trophée dans le football féminin avec une victoire en FA Cup en 2024.
"Marc Skinner a quitté son poste d'entraîneur principal de Manchester United Women d'un commun accord," a indiqué le club dans un communiqué lundi.
"Marc part après avoir grandement contribué à la progression continue de Manchester United Women."
United, qui a terminé quatrième à 15 points du champion Manchester City en WSL la saison dernière, démarrera sa saison chez les London City Lionesses le 4 septembre.