Fernandes a atteint le record de 21 passes décisives avec United dans l'élite cette saison, en offrant un but à Patrick Dorgu lors de la victoire 3-0 de dimanche à Brighton.
Le joueur de 31 ans avait égalé le précédent record, détenu par Thierry Henry et Kevin De Bruyne, une semaine plus tôt lors du succès 3-2 de United contre Nottingham Forest.
Mais l'ancien milieu de terrain de United Keane n'a pas été impressionné par la quête de ce record par Fernandes.
Le franc-parler de Keane s'est illustré en affirmant que Fernandes privilégiait la gloire individuelle aux intérêts de l'équipe, le décrivant comme étant au centre d'un "numéro de cirque".
Dans le podcast The Overlap, Keane a déclaré : "Après le match (contre Forest), il a été interviewé et il a dit, le capitaine de Manchester United a dit : 'À plusieurs reprises, j'aurais probablement dû tirer, mais j'ai préféré faire la passe.'
"Incroyable. Comment un footballeur peut-il aborder un match en pensant à un record personnel ? Il ne gagnera pas de trophées, pas avec cet état d'esprit."
Cependant, l'ancien capitaine de United semble avoir mal compris les propos de Fernandes, car la star portugaise a en réalité déclaré : "Il y a probablement eu des moments aujourd'hui où j'aurais dû passer au lieu de tirer.
"Je suis très heureux pour la passe décisive, mais plus encore pour la victoire et pour finir la saison sur une bonne note."
Interrogé lundi sur les critiques de Keane, Fernandes a vivement répondu à la légende d'Old Trafford.
"Comme je l'ai toujours dit, la critique ne me dérange pas", a confié Fernandes au podcast The Diary of a CEO. "Ce que je n'aime pas, c'est quand les gens mentent sur certaines choses et, dans ce cas précis dont vous parlez à propos de Roy Keane, ce qu'il a dit est un mensonge.
"Soit il a vu une autre interview, soit il ne peut pas dire que j'ai dit quelque chose que je n'ai jamais dit, et heureusement pour moi, tout est enregistré.
"J'accepte qu'il puisse m'apprécier comme joueur ou non, m'apprécier comme personne ou non. Mais ce que je n'aime pas, c'est qu'il me fasse dire des choses que je n'ai jamais prononcées."
L'excellente saison de Fernandes a permis à United de terminer troisième de l'élite et lui a valu les titres de joueur de la saison de la Football Writers Association et de la Premier League.
Mais il a été tellement contrarié par les critiques de Keane qu'il a contacté l'ancien entraîneur de United, Ole Gunnar Solskjaer, pour demander le numéro de téléphone de l'Irlandais afin de pouvoir régler le différend.
"Évidemment, je pense avoir toujours montré beaucoup de respect pour Roy Keane, pour tout ce qu'il a fait pour le club et pour tout ce qu'il a toujours dit", a ajouté Fernandes.
"Ce que je n'aime pas, c'est que les gens inventent des propos à partir de ce que je dis alors que ce n'est pas vrai."